大己貴神（おおなむちのかみ）と少彦名神（すくなひこなのかみ）の二柱を祭神とする神社です。この神様は一緒に協力して国造りを行い、全ての生物のために病気を癒す方法を定め、降りかかる様々な災いを払い除ける禁厭（まじない）を定めるなど、世の中を守っていると伝えられています。そのため医療や百薬の長である酒の神様として知られています。

　このような神様を祀っているため、薬莱神社は名前の通り健康や病気平癒にご利益があります。授与されているお守りも『病難退散御守』があります。